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区别：1、工程施工科目属于成本类科目，主营业务成本属于损益类科目；2、核算的内容不一样，工程施工是建筑安装企业归集核算工程成本的会计核算专用科目，是根据建设工程设计文件的要求，对建设工程进行新建、扩建、改建的活动。主营业务成本用于核算企业因销售商品、提供劳务或让渡资产使用权等日常活动而发生的实际成本。借记该科目，贷记“库存商品”、“劳务成本”等科目。3、在报表中列示的位置不一样，期末列报时，如“工程施工”账面余额大于“工程结算”账面余额，则应将其差额列示于资产负债表“存货”项目。主营业务成本列示于利润表的“主营业务成本”项目。

主营业务成本财务处理：

1、月末，企业应根据本月销售各种商品、提供的各种劳务等实际成本，计算应结转的主营业务成本，借记本科目，贷记“库存商品”、“劳务成本”科目。 采用计划成本或售价核算库存商品的，平时的营业成本按计划成本或售价结转，月末，还应结转本月销售商品应分摊的产品成本差异或商品进销差价。

2、企业本期发生的销售退回，一般可以直接从本月的销售商品数量中减去，也可以单独计算本月销售退回商品成本，借记“库存商品”等科目，贷记本科目。

3、根据建造合同准则确认合同收入时，按应确认的合同费用，借记本科目，按应确认的合同收入，贷记“主营业务收入”科目，按其差额，借记或贷记“工程施工——合同毛利”科目。合同完工时，还应按相关建造合同已计提的预计损失准备，借记“存货跌价准备——合同预计损失准备”科目，贷记本科目。

4、期末，应将本科目的余额转入“本年利润”科目，结转后本科目应无余额。