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87号令并未具体规定采购人或者采购代理机构对投标人的资格审查错误的，该如何处理，但从其他相关规定中得知，发现资格审查错误的，应当重新审查，并视重新审查结果予以分别处理。

(1)评标结束前发现错误的，应该重新审查，改正错误。重新审查后，合格投标人足3家的，继续评标;合格投标人不足3家的，不得评标并根据87号令第四十三条规定处理。为尽快发现是否存在资格审查错误，采购人或者采购代理机构应在审查结束后尽快将审查结果告知投标人，并要求投标人在规定时间内(评标结束前)提出意见，以便尽快发现和改正错误。如果到中标结果公告时再告知审查结果，将错过发现和改正错误的机会。同时，采购人或者采购代理机构可以采取“双核”制度，复查审查结果，自己发现错误和改正错误。

(2)评标结束后、合同履行完毕前发现错误的，应该重新审查，改正错误。重新审查后，合格投标人足3家的，应当组织原评标委员会进行重新评审，重新评审改变评标结果的，书面报告本级财政部门;合格投标人不足3家的，根据87号令第四十三条规定处理。

《关于进一步规范政府采购评审工作有关问题的通知》(财库[2012]69号)明确规定资格性检查认定错误可以重新评审。在87号令把资格审查工作改由采购人或者采购代理机构负责后，发现资格审查错误的，可以组织原评标委员会重新评审。